《内经》否定超自然、超物质的神的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。
素问·灵兰秘典论
黄帝问曰：愿闻十二脏之相使，贵贱何如?
岐伯对曰：悉乎哉问也!请遂言之。心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也，故主明则下安，以此养生则寿，殁世不殆，以为天下则大昌;主不明则十二官危，使道闭塞而不通，形乃大伤，以此养生则殃，以为天下者，其宗大危。戒之戒之!
至道在微，变化无穷，孰知其原?窘乎哉!消者瞿瞿，孰知其要?闵闵之当，孰者为良?恍惚之数，生于毫厘，毫厘之数，起于度量，千之万之，可以益大，推之大之，其形乃制。
黄帝曰：善哉!余闻精光之道，大圣之业，而宣明大道。非斋戒择吉日，不敢受也。黄帝乃择吉日良兆，而藏灵兰之室，以传保焉。
译文
黄帝问道：我想听你谈一下人体六脏六腑这十二个器官的责任分工，高低贵贱是怎样的呢?
岐伯回答说：你问的真详细呀!请让我谈谈这个问题。心，主宰全身，是君主之官，人的精神意识思维活动都由此而出。肺，是相傅之官，犹如相傅辅佐着君主，因主一身之气而调节全身的活动。肝，主怒，像将军一样的勇武，称为将军之官，谋略由此而出。膻中，维护着心而接受其命令，是臣使之官，心志的喜乐，靠它传佈出来。脾和胃司饮食的受纳和布化，是仓廪之官，无味的阴阳靠它们的作用而得以消化、吸收和运输。大肠是传导之官，它能传送食物的糟粕，使其变化为粪便排除体外。小肠是受盛之官，它承受胃中下行的食物而进一步分化清浊。肾，是作强之官，它能够使人发挥强力而产生各种伎巧。三焦，是决渎之官，它能够通行水道。膀胱是州都之官，蓄藏津液，通过气化作用，方能排除尿液。以上这十二官，虽有分工，但其作用应该协调而不能相互脱节。所以君主如果明智顺达，则下属也会安定正常，用这样的道理来养生，就可以使人长寿，终生不会发生危殆，用来治理天下，就会使国家昌盛繁荣。君主如果不明智顺达，那麽，包括其本身在内的十二官就都要发生危险，各器官发挥正常作用的途径闭塞不通，形体就要受到严重伤害。在这种情况下，谈养生续命是不可能的，只会招致灾殃，缩短寿命。同样，以君主之昏聩不明来治理天下，那政权就危险难保了，千万要警惕再警惕呀!至深的道理是微渺难测的，其变化也没有穷尽，谁能清楚地知道它的本源!实在是困难得很呀!有学问的人勤勤恳恳地探讨研究，可是谁能知道它的要妙之处!那些道理暗昧难明，就象被遮蔽着，怎能了解到它的精华是什麽!那似有若无的数量，是产生于毫蹻也是起于更小的度量，只不过把它们千万倍地积累扩大，推衍增益，才演变成了形形色色的世界。黄帝说：好啊!我听到了精纯明彻的道理，这真是大圣人建立事业的基础，对于这宣畅明白的宏大理论，如果不专心修省而选择吉祥的日子，把这些著作珍藏在灵台兰室，很快地保存起来，以便流传后世。
拓展阅读：《内经》名称的由来
这部古代医学经典为什么叫《内经》呢?
这是因为古人往往把具有一定法则，又必须学习和掌握的书籍，称作“经”，如儒家的『六经』、老子的《道德经》，以及进行启蒙教育的《三字经》等等。
至于『内』，则是与『外』的相对之称，古时也有《黄帝外经》的记载，只是后来佚亡了。这和《韩诗外传》、《韩诗内传》、《庄子》的『内篇』、『外篇』等命名的意义是一样的，并没有什么深义。
《内经》加上黄帝的名字，也是崇本溯源之意，旨在说明我国的医学文化渊源甚早，并非实指是黄帝留下的著作，或黄帝时代就有的著作。事实上，《黄帝内经》是战国以后的作品，大约成书于秦汉时期，而且既不是成于一个时代，亦不是出自某一人的手笔，而是集体的成果。
《黄帝内经》包括《素问》、《灵枢》两部分，每部分都有81篇。素，作本质，本性解，问即问题，《素问》就是研究人这个生命体的本质问题的意思。《灵枢》的主要内容是研究针刺法的，因此亦称为『针经』。灵是灵验，枢是机要、枢纽之意，『灵枢』的主要涵义就是必须掌握针刺法的枢机要领才能灵验。
《黄帝内经》的内容除医学方面外，还涉及到了哲学、天文、物候、历法等诸多领域，并以这些方面的理论来论证中医学的医理。因此，古人称《黄帝内经》博大精深，为『上穷天纪，下极地理，远取诸物，近取诸身，更相问难』之作。
由此可见，《黄帝内经》与世界上众多的其他医书根本不同之点就在于，它不是一本单纯的医学著作，而是深受古代天文和易学影响，以『天人相应』的为指导思想，以『阴阳五行』为理论基础，以『取类比象』为研究手段，阐述人与自然以及生理，解剖，病理，诊断和养生防病治病方面的原则问题的综合性著作。
《黄帝内经》是中医理论体系的源泉，临床各科诊治的依据，被后世奉为『医书之宗』。作为中国传统医学的理论思想基础及精髓，在中华民族近二千年繁衍生息的漫漫历史长河中，它的作用及贡献功不可没。
